O Desertor evoca o complexo ambiente social, religioso e cultural da África Oriental na época colonial através de duas histórias de amor, separadas pelo tempo, mas unidas pelo seu desfecho, evidenciando o intricado mosaico de uma África ainda desconhecida.
Ao romper de mais uma manhã, Hassanali está a caminho da mesquita quando um forasteiro branco, vindo do deserto, desaba a seus pés. Hassanali decide ajudar aquele homem — um explorador e orientalista inglês de nome Martin Pearce — levando-o depois para casa de um oficial, seu conterrâneo. Quando Pearce regressa para agradecer a Hassanali por lhe ter salvado a vida, também conhece a irmã dele, Rehana, com quem viverá uma história de amor proibido