Nesta obra monumental, mas não definitiva, como o próprio autor indica, é tratada sobretudo a história dos cristãos-novos portugueses. Ou seja, a história dos judeus conversos que, pela generosidade de D. João II, o Príncipe Perfeito e, logo de seguida, por ato imperativo de D. Manuel I, são obrigados a converter-se ao cristianismo. Seguem-se três séculos de história de Portugal, nos quais a Inquisição terá papel central.
Mas esta obra — que na verdade abarca o longo período que vai das monarquias visigodas, bem antes da Fundação da Nacionalidade, até ao século XIX, com a extinção do Tribunal do Santo Ofício —, para além da análise dos autos de fé e da inúmera documentação da época, centra-se também nos fenómenos da moral, da religião e da política que influenciaram a vivência dos cristãos-novos em território português